Kit de démarrage en bio-informatique

Savvy

Etudiante en doctorat de bio-informatique à l'Université de Montréal. Co-fondatrice et auteure principale du blog. Apprentie chercheuse à temps plein et écrivaine à ses heures perdues.

6 réponses

  1. Ceux qui savent devineront :) dit :

    J’aime beaucoup comment tu dis ne pas vouloir démarrer une n-ième « guerre des éditeur de texte » en ne présentant que emacs (et en le sur-vendant) 🙂 #TeamVim

    Blagues à part, article sympathique pour débutant mais quand même quelques remarques:
    – Tu introduis Github sans dire ce qu’est git. Ce n’est pas github qui s’occupe de la gestion de version, c’est juste un habillage visuel (et, je te l’accorde un gestionnaire de ticket et de distribution de release efficace). Un futur article sur Git ?
    – Le placement de produit pour le pack github, ça peut faire jaser. ça renforce la dépendance aux outils Microsoft
    – Tu parles de distribution Linux sans vraiment expliquer ce que c’est. C’est un détail mais quelqu’un qui ne connaît pas risque d’être perdu
    – Peut être un point sur les environnement de bureaux (Plasma/Gnome/XFCE…), qui sont en réalité quasiment plus important que la distribution en elle même. Un article ?
    – Rajouter que l’utilisation d’une VM est un poil gourmande en ressource ?

    (Et je fais l’impasse sur le fait de parler du libre et de conseiller Github (racheté par microsoft) dans le même article, je ne suis pas tatillon à ce point 🙂 )

    • Savvy dit :

      Merci beaucoup pour tes remarques constructives et tes suggestions !
      Nous allons modifier l’article pour compléter les points qui ne t’ont pas semblé assez clairs (à juste titre).
      Tes idées d’articles sont très intéressantes, nous allons probablement les garder au chaud pour nos prochains contenus.

      Enfin pour ta remarque entre la promotion simultanée des logiciels libres et du pack Github, notre idée c’était plus de proposer les outils disponibles aux étudiants, mais c’est vrai qu’on aurait pu creuser les alternatives non propriétaires pour mieux coller à l’ensemble de notre propos. Merci beaucoup pour ton retour! 🙂

      • Natir dit :

        Je me permet de rajouté de tatillonnage supplémentaire :

        – le binaire vscode fournie par microsoft est problématique https://carlchenet.com/le-binaire-de-visual-studio-code-nest-pas-du-logiciel-libre-voila-pourquoi/
        – mac os est un système UNIX bon il le cache par tout les moyen a l’utilisateur mais c’est un système unix
        – les problèmes de performance d’Atom s’explique sans invoquer les plugin d’Atom est basé sur Electron, on lance un navigateur web et un serveur nodejs du coup forcément sa vas moins vite qu’un éditeur de texte natif.
        – concernant git bioinfo-fr a deux excellent article sur git
        https://bioinfo-fr.net/git-premiers-pas

        Mais sinon très bonne article avec le niveau de détail parfait.
        Sinon tu envisage un article sur les outils de veille scientifique pubmed, twitter, …

      • Savvy dit :

        Merci beaucoup Natir pour tous ses remarques complémentaires ! Pour certains d’entre eux je ne savais pas donc je n’aurai pas su les ajouter à l’article haha

        Je savais que Mac os était un système Unix mais je savais pas comment le caser dans l’article mais il est vrai que c’est important de rappeler que ça reste un système Unix

        On rajoutera les liens sur les premiers pas sur git dans l’article ! Et l’idée d’article avec des outils de veille scientifique est une super suggestion 🙂

  2. Chris dit :

    Encore un article excellent: concis, l’essentiel bien expliqué, bien structuré avec facilité d’acced directement à ce qui nous intéresse, et des liens vers des articles plus détaillés sur la rubrique.

    Cette article concerne nous seulement les bioinformaticiens en herbe, mais aussi les nouveaux a l’informatique.

    Continue sur cette lancée !

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