Si vous vous demandez où se trouve Emeline sur la photo de groupe de l’équipe omicX, je peux vous dire qu’elle s’est bien cachée ! – je connais son aversion pour les photos donc j’ai dû tricher pour illustrer l’article -.


Emeline Duquenne est une ancienne étudiantes de mon master et a été diplomée une année avant moi. C’est en garndant le contact avec elle que j’ai appris qu’elle avait été rapidement embauchée pour un contrat à durée indéterminée dans l’entreprise omicX fin septembre 2016. Si vous avez raté mon portrait de l’entreprise, je vous invite à le lire ici.

Il faut avouer qu’avoir un emploi stable dès l’obtention de son diplôme niveau BAC +5 est un cas plutôt rare en bio-info, enfin, d’après les expériences professionnelles de de mes camarades de promotion et des promotions précédentes. C’est pourquoi je trouvais intéressant de vous présenter son parcours, ainsi que les tâches qui lui sont confiées pour son poste actuel au sein d’omicX !


Tout d’abord, sa définition de la bio-informatique

Emeline : La définition que je donne s’applique particulièrement à la vision de la bio-informatique que je perçois en tant que professionnelle en France. Pour moi, elle se décline en deux parties. La première définition, qui est la plus commune, est cellà où les bio-informaticiens sont un soutien pour les biologistes afin de traiter leurs données. La deuxième définition que je trouve plus rare en France, c’est l’utilisation des outils informatiques pour répondre à des questionnements en biologie, avec des bio-informaticiens au cœur d’un projet construit autour d’eux, en rassemblant des données existantes afin de traiter une problématique précise.

Quelques mots sur son parcours et son intérêt pour la bio-informatique

Emeline : J’ai commencé avec une licence de biologie à Marseille, et je l’ai terminée à Bordeaux en me spécialisant en biologie moléculaire, cellulaire et physiologie. Mon intérêt pour la bio-informatique m’est venue au cours de ma formation; grâce à un cours d’initiation aux outils utilisés en bio-informatique. J’avais également eu des cours de programmation qui avaient suscité mon intérêt pour l’informatique en général. J’avais donc envie d’intégrer un domaine pluridisciplinaire qui pouvait allier mes intérêts pour la biologie, plus particulièrement les neurosciences, et l’informatique. C’est pourquoi au moment de mon choix de master, j’hésitais entre deux possibilités.

J’ai été prise dans le master de Neurosciences à Bordeaux, ce qui a renforcé à la fois mes compétences générales en recherche comme la lecture d’articles scientifiques et la maîtrise de protocoles scientifiques, et des compétences plus spécifiques comme le fonctionnement du cerveau. A la fin de ma formation, je voulais poursuivre par une thèse, mais je ne me sentais pas tout à fait prête. C’est pourquoi j’ai décidé d’entamer un second master, cette fois en Bio-informatique, afin d’acquérir de nouvelles compétences, notamment en programmation et gestion de projet.

A la fin de cette seconde formation, je cherchais une thèse qui allie bio-informatique et neurosciences, mais je n’ai pas trouvé de sujet qui correspondaient à mes attentes à ce moment. En parallèle, j’ai cherché des emplois en SS2I (ndlr : Entreprise de services en informatique) ou des postes de CDD/CDI en bio-informatique. C’est en consultant les offres d’emploi sur la SFBI que j’ai trouvé un poste de Data Scientist dans l’entreprise émergente omicX.

Les raisons qui l’ont poussées à rester en bio-informatique

Emeline : Je voulais trouver un emploi en adéquation avec ma formation qui allie à la fois informatique et biologie. Après deux ans en dehors du laboratoire, je n’avais pas envie de retourner faire des expériences « à la paillasse », mais plutôt de me concentrer sur le côté informatique appliqué à la biologie. Mon métier me permet d’avoir une vue plus globale des différents domaines de la bio-informatique (ou « omics »), comme par exemple la transcriptomique, c’est-à-dire l’étude des transcripts d’ARN partant de l’échelle cellulaire à l’organisme entier, ou la phénomique, qui est l’étude des caractéristiques à l’échelle d’un individu ou d’une population entière.

Si ce dernier domaine est le plus proche de ma formation initiale, les passerelles entre ces différents « omics » sont de plus en plus fréquentes et demandées pour analyser les données (par exemple utiliser en même temps les données transcriptomiques et phénomiques pour comprendre le fonctionnement d’une maladie).

Ses responsabilités au sein d’omicX et ses aspirations professionnelles

Emeline : J’effectue de la veille technologique afin de catégoriser les différents logiciels existants dans le domaine bio-informatique pour le site omicX. Mes connaissances sur les différents domaines “omics” me permettent d’identifier dans quel but un outil est utilisé afin de lui attribuer une catégorie. (ie. génomique, transcriptomique, protéomique etc.)

Ma principale mission consiste à compléter une base de données où on peut répertorier les logiciels disponibles pour la communauté scientifique pour que nos utilisateurs peuvent se consacrer à leurs projets de recherche et utiliser nos ressources pour faire de la veille technologique. Par exemple se demander si investir du temps pour créer un nouvel outil est nécessaire en se basant sur l’existant.


Ce sera tout pour ce portrait ! Pour la prochaine fois, j’irai sûrement toquer à la porte d’un de mes professeurs d’université afin de vous familiariser au métier d’enseignant chercheur. 🙂

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