Emeline Duquenne

Si vous vous demandez où se trouve Emeline sur la photo de groupe de l’équipe omicX, je peux vous dire qu’elle s’est bien cachée ! – je connais son aversion pour les photos donc j’ai dû tricher pour illustrer l’article -.


Emeline Duquenne est une ancienne étudiantes de mon master et a été diplomée une année avant moi. C’est en garndant le contact avec elle que j’ai appris qu’elle avait été rapidement embauchée pour un contrat à durée indéterminée dans l’entreprise omicX fin septembre 2016. Si vous avez raté mon portrait de l’entreprise, je vous invite à le lire ici.

Il faut avouer qu’avoir un emploi stable dès l’obtention de son diplôme niveau BAC +5 est un cas plutôt rare en bio-info, enfin, d’après les expériences professionnelles de de mes camarades de promotion et des promotions précédentes. C’est pourquoi je trouvais intéressant de vous présenter son parcours, ainsi que les tâches qui lui sont confiées pour son poste actuel au sein d’omicX !


Tout d’abord, sa définition de la bio-informatique

Emeline : La définition que je donne s’applique particulièrement à la vision de la bio-informatique que je perçois en tant que professionnelle en France. Pour moi, elle se décline en deux parties. La première définition, qui est la plus commune, est cellà où les bio-informaticiens sont un soutien pour les biologistes afin de traiter leurs données. La deuxième définition que je trouve plus rare en France, c’est l’utilisation des outils informatiques pour répondre à des questionnements en biologie, avec des bio-informaticiens au cœur d’un projet construit autour d’eux, en rassemblant des données existantes afin de traiter une problématique précise.

Quelques mots sur son parcours et son intérêt pour la bio-informatique

Emeline : J’ai commencé avec une licence de biologie à Marseille, et je l’ai terminée à Bordeaux en me spécialisant en biologie moléculaire, cellulaire et physiologie. Mon intérêt pour la bio-informatique m’est venue au cours de ma formation; grâce à un cours d’initiation aux outils utilisés en bio-informatique. J’avais également eu des cours de programmation qui avaient suscité mon intérêt pour l’informatique en général. J’avais donc envie d’intégrer un domaine pluridisciplinaire qui pouvait allier mes intérêts pour la biologie, plus particulièrement les neurosciences, et l’informatique. C’est pourquoi au moment de mon choix de master, j’hésitais entre deux possibilités.

J’ai été prise dans le master de Neurosciences à Bordeaux, ce qui a renforcé à la fois mes compétences générales en recherche comme la lecture d’articles scientifiques et la maîtrise de protocoles scientifiques, et des compétences plus spécifiques comme le fonctionnement du cerveau. A la fin de ma formation, je voulais poursuivre par une thèse, mais je ne me sentais pas tout à fait prête. C’est pourquoi j’ai décidé d’entamer un second master, cette fois en Bio-informatique, afin d’acquérir de nouvelles compétences, notamment en programmation et gestion de projet.

A la fin de cette seconde formation, je cherchais une thèse qui allie bio-informatique et neurosciences, mais je n’ai pas trouvé de sujet qui correspondaient à mes attentes à ce moment. En parallèle, j’ai cherché des emplois en SS2I (ndlr : Entreprise de services en informatique) ou des postes de CDD/CDI en bio-informatique. C’est en consultant les offres d’emploi sur la SFBI que j’ai trouvé un poste de Data Scientist dans l’entreprise émergente omicX.

Les raisons qui l’ont poussées à rester en bio-informatique

Emeline : Je voulais trouver un emploi en adéquation avec ma formation qui allie à la fois informatique et biologie. Après deux ans en dehors du laboratoire, je n’avais pas envie de retourner faire des expériences « à la paillasse », mais plutôt de me concentrer sur le côté informatique appliqué à la biologie. Mon métier me permet d’avoir une vue plus globale des différents domaines de la bio-informatique (ou « omics »), comme par exemple la transcriptomique, c’est-à-dire l’étude des transcripts d’ARN partant de l’échelle cellulaire à l’organisme entier, ou la phénomique, qui est l’étude des caractéristiques à l’échelle d’un individu ou d’une population entière.

Si ce dernier domaine est le plus proche de ma formation initiale, les passerelles entre ces différents « omics » sont de plus en plus fréquentes et demandées pour analyser les données (par exemple utiliser en même temps les données transcriptomiques et phénomiques pour comprendre le fonctionnement d’une maladie).

Ses responsabilités au sein d’omicX et ses aspirations professionnelles

Emeline : J’effectue de la veille technologique afin de catégoriser les différents logiciels existants dans le domaine bio-informatique pour le site omicX. Mes connaissances sur les différents domaines “omics” me permettent d’identifier dans quel but un outil est utilisé afin de lui attribuer une catégorie. (ie. génomique, transcriptomique, protéomique etc.)

Ma principale mission consiste à compléter une base de données où on peut répertorier les logiciels disponibles pour la communauté scientifique pour que nos utilisateurs peuvent se consacrer à leurs projets de recherche et utiliser nos ressources pour faire de la veille technologique. Par exemple se demander si investir du temps pour créer un nouvel outil est nécessaire en se basant sur l’existant.


Ce sera tout pour ce portrait ! Pour la prochaine fois, j’irai sûrement toquer à la porte d’un de mes professeurs d’université afin de vous familiariser au métier d’enseignant chercheur. 🙂

omicX

Afin de découvrir la variété de métiers que regorgent la bio-informatique, je vous propose de suivre mon aventure dans la recherche d’entreprises liées à notre domaine ! Cette semaine, l’entreprise française omicX a répondu à mes questions. Pour la petite anecdote, j’ai découvert l’existence de cette entreprise en cherchant par harsard le nom d’un outil dont j’avais besoin sur l’ami Google.

J’ai trouvé sa fiche descriptive sur le site d’Omic Tools créé par omicX et je me suis rendue compte que c’était un site bien pratique pour établir une liste des logiciels présentement existants, pour une thématique donnée. Il est aussi très pertinent pour savoir si un logiciel est toujours maintenu par son équipe de création ou bien s’il n’est plus fonctionnel. Ça évite de passer des heures à essayer de l’installer sans succès et se rendre compte à la fin que personne ne pourra vous expliquer ce que vous n’avez pas fait correctement !


Quelques mots d’introduction

omicX a été fondée en 2013 par Arnaud Desfeux, docteur en Neurosciences. L’entreprise compte aujourd’hui une quarantaine de salariés experts en data science, en bio-informatique, en biologie et en développement web. Les bureaux de l’entreprise sont situés à Rouen au cœur de la pépinière Seine Innopolis, acteur majeur de l’innovation en Normandie.

L’entreprise a suscité l’intérêt des investisseurs grâce au positionnement innovant de son moteur de recherche, lequel permet de trouver en quelques clics et pour toute question biologique posée, une réponse logicielle adaptée. “Dans un contexte de production croissante de logiciels, réunir, classer et documenter l’ensemble des outils utiles à l’analyse de données biologiques me semblait être la meilleure stratégie à adopter” affirme le fondateur de l’entreprise.

Cinq ans après son lancement, le succès de la plateforme se confirme et pour cause, omicX dépasse les 3 millions de pages vues et les 1 millions de visiteurs par an. Avec plus de 25 000 utilisateurs inscrits à ce jour, elle est parvenue à engager les scientifiques issus des plus grandes universités et institutions (NIH, Oxford, Cambridge, Yale, Chinese Academy of Sciences, etc).  

L’ambition de départ de l’entreprise

omicX : Notre objectif premier est de guider la communauté scientifique dans l’exploitation des données biologiques. Le volume de données actuel est tel qu’il dépasse de loin les capacités d’analyse des chercheurs. C’est pourquoi nous avons développé un écosystème qui capitalise sur l’intelligence collective pour générer des protocoles directement exploitables par l’humain. Initialement positionnée sur la classification et la suggestion d’applications, l’entreprise s’oriente progressivement vers l’aide à la décision. Notre slogan ‘Unleashing the value of big biodata’ va d’ailleurs dans ce sens : exploiter les Big BioData pour réaliser de nouvelles percées scientifiques.

Les services proposés

omicX : Outre notre moteur de recherche sémantique, nous proposons un outil d’analyse en capacité de déchiffrer la littérature scientifique pour générer des protocoles et des méta-analyses* (i.e. des suites logicielles logiques construites à partir de l’ensemble des outils que nous référençons). Les protocoles peuvent être modifiés par l’intermédiaire d’un éditeur conçu spécifiquement pour personnaliser les analyses que nous générons de manière à ne laisser aucune question sans réponses.

Nous proposons également plusieurs modules statistiques. Notre plateforme compile des données sur les spécifications des outils, le contexte biologique dans lequel ils sont utilisés, les pathologies auxquelles ils répondent, leurs citations, et fournit des aperçus détaillés sur les tendances en développement logiciel, les collaborations scientifiques et les institutions contributrices.

Quelques exemples de profils actuels en bioinformatique dans l’entreprise

omicX :  Nous employons essentiellement des bioinformaticiens, des biologistes et des ingénieurs en développement web et génie logiciel, possédant pour la plupart un Master et/ou un Doctorat.

Une des principales missions des bioinformaticiens concerne la classification des applications et l’écriture de scripts pour l’extraction des spécifications. Ils interviennent également au niveau de la validation et de la vérification des protocoles issus de la littérature scientifique. Ils participent également à l’extraction des modules/outils, à la « dockerisation » des logiciels et au développement des futures fonctionnalités du site.

Les futurs projets ?

omicX : Nous prévoyons prochainement de déployer une solution de cloud computing pour permettre aux chercheurs d’exécuter leurs analyses directement en ligne. Nos utilisateurs pourront ainsi lancer des analyses en utilisant des ensembles de données stockées dans des bibliothèques dédiées. L’intégration de cette dernière brique fonctionnelle permettra à omicX de devenir un environnement de travail complet, couvrant l’ensemble des étapes d’analyse.



Merci chaleureusement à Emeline Duquenne de m’avoir permis de rentrer en contact avec l’entreprise omicX. Pour notre prochain article, vous pourrez découvrir son portrait en tant que bio-curatrice dans l’entreprise !

 

Louis Becquey

C’est dans mon master que j’ai réalisé pour la première fois qu’il n’existait pas de chemin standard pour atterrir en bio-informatique. Ce qui est encore plus formidable, c’est que le domaine est tellement vaste, qu’il est difficile de se rendre compte de toutes les thématiques possibles dans lesquelles on peut travailler.

Afin de contribuer à une meilleure connaissance du domaine et de ses défis actuels,  je vous propose une série d’interviews de différents professionnels. En présentant leurs parcours, l’origine de leur intérêt pour la bio-informatique et leurs projets actuels, j’espère vous faire découvrir des applications en bio-informatique que vous n’aurez jamais soupçonné.


Pour ma première interview, je remercie chaleureusement Louis Becquey qui a bien voulu se prêter à l’exercice. Pour la partie anecdote qui ne va intéresser personne, Louis et moi, on s’est rencontré par le biais du concours international de biologie de synthèse iGEM en 2016. Ce qui est plutôt drôle c’est qu’on avait assez peu échangé pendant notre collaboration pour le concours, mais on a fini par garder contact après la compétition (parce que les iGEMers deviennent tous copains à la fin).

Louis a commencé son doctorat en septembre 2018. Je vous laisse découvrir à travers son interview, comment il a fini par atterrir en thèse, où il travaille sur l’élaboration d’algorithmes multi-critères permettant la prédiction de structures ARNs à l’université Paris Saclay en France.


Quelle est la définition de la bio-informatique, selon Louis

Louis : Il existe de nombreuses définitions de la bio-informatique. Personnellement, je préfère en donner une définition large. Pour moi, il s’agit de l’ensemble des techniques du numérique et de l’informatique que l’on utilise pour répondre à des questions en biologie. Un autre aspect important que j’aimerai souligner, c’est qu’il s’agit également de l’interprétation de données massives issues de la biologie (la bio-informatique “intellectuelle” et moins “numérique”).

Quelques mots sur son parcours et sa première expérience en bio-informatique

Louis : Dès la fin du lycée, j’avais une idée assez précise des domaines d’études qui m’intéressaient. J’ai toujours été intéressé par la pharmaceutique et la chimie fine, c’est ce qui m’a décidé à faire une première année commune aux études de santé à Grenoble. Deux ans après, faute d’avoir pu décrocher une place en pharmacie, j’ai finalement décidé de commencer une prépa Agro-Véto (ndlr : Agronomie et Science vétérinaire) qui m’a donné mes connaissances théoriques en biologie.

Au cours de ma 2ème année, lors d’un projet de recherche, j’ai pu utiliser mes compétences en informatique pour répondre à des questions biologiques. Il s’agissait d’un projet d’étude sur les miels dits “monofloraux” (de sapin, de châtaignier etc.). Nous avons étudié le lien entre le nom et la présence réelle de caractères spécifiques à la plante (pollens, osides, miellats). Pour cela, nous avons dû utiliser des outils de traitement d’images pour analyser les cartes des zones autour des ruches, sur lesquelles nous avions reporté la localisation de différentes espèces de plantes. Puis nous avons pu réaliser une analyse statistique de nos données.

C’est par ce projet que j’ai appris ce qu’était la bio-informatique et qu’il s’agissait d’un pan de métier à part entière. C’est ainsi que j’ai décidé de continuer une école d’ingénieur en bio-informatique. En France, seulement deux instituts proposent ce type de formation : Polytech Nice à Sophia Antipolis et l’Institut National des Sciences Appliquées à Lyon. J’ai décidé de poursuivre mes 3 ans d’étude à Lyon où j’ai reçu une formation en bio-informatique et modélisation mathématique.

Quels sont ses motivations pour poursuivre une carrière en bio-informatique

Louis :  J’ai toujours eu une grande curiosité à comprendre comment fonctionne le vivant, c’est ce qui m’a donné l’envie de travailler dans le domaine de la biologie. Côté informatique, j’ai un petit côté geek qui m’a toujours donné une envie d’apprendre quelques notions de programmation. Mais c’est lors de ma 2ème année en prépa où j’ai acquis de nombreuses connaissances en biologie moléculaire, que j’ai fait un parallèle entre les processus de transmission des informations qui se passent dans les cellules et le fonctionnement des ordinateurs.

L’aspect “traitement de l’information” est celui dans lequel la biologie se développera au 21ème siècle.

Sa thématique favorite en bio-informatique ?

Louis : J’ai toujours été intéressé par la compréhension des fondements moléculaires du vivant, c’est pourquoi la bio-informatique structurale m’intéresse particulièrement. Elle fait le lien entre le support matériel et l’information. Et spécifiquement dans ce pan de la bio-informatique, je peux aussi m’intéresser à des concepts de biophysique (sûrement un petit côté masochiste, l’amour pour les maths “hardcore” et les grosses équations !).

La question curieuse : Dans quelles circonstances a-il obtenu son premier emploi ?

Louis : Lors de mon stage de fin de formation pour l’école d’ingénieur, j’ai voulu travailler sur un sujet de bio-informatique structurale. L’idée était de réaliser la simulation de molécules en 3D afin de prédire leurs capacités d’interaction in vivo. Plus spécifiquement pour mon stage, j’ai utilisé des méthodes de machine-learning pour étudier l’interaction entre les protéines kinases et les petites molécules chimiques.

A la fin de celui-ci, j’avais espéré poursuivre dans mon laboratoire de recherche, mais malheureusement, il ne proposait pas de poste au niveau BAC+5. En consultant les différentes offres sur la SFBI, la plupart des postes qui m’intéressaient, demandaient au minimum un doctorat, je me suis donc résolu à faire une thèse afin de pouvoir travailler dans mes domaines d’intérêt par la suite. Je suis donc actuellement à l’Université Paris Saclay pour réaliser un doctorat sur la prédiction de structures ARNs.

Quelle est, selon lui, la potentielle contribution de sa thèse dans son domaine d’expertise ?

Louis : L’étude des structures de protéines est un thème de recherche déjà très bien étudié et sur lequel le domaine pharmaceutique actuel repose. Je ne me voyais pas faire une thèse dans ce domaine car je trouve qu’il y a suffisamment de connaissances établis et peu de nouveaux progrès possibles. Dans le domaine de la pharmaceutique industrielle, une nouvelle classe de médicaments fait surface depuis moins d’une dizaine d’années qu’on appelle les biologics. Ce sont les molécules extraites d’animaux ou de plantes qu’on utilise comme principes actifs, par opposition aux petites molécules chimiques qui coûtent de plus en plus cher à développer, qui ont souvent des effets secondaires et finissent dans un scandale médiatique.

Un aptamère (en jaune), une molécule d’ARN créé de manière synthétique qui peut ici se lier spécifiquement à une molécule de biotine. (Source : Wikipedia)

La recherche sur ces molécules est beaucoup moins coûteuse, grâce notamment à leur faible coût de fabrication en comparaison à la synthèse chimique de composés organiques. Parmi les différents biologics, on retrouve l’ARN qu’on peut notamment utiliser pour faire du ciblage spécifique de molécules. Ils sont probablement plus faciles à concevoir par ordinateur en comparaison des protéines, et les recherches sur le sujet sont actuellement maigres, il y a donc de la place pour de grandes découvertes. En bref, étudier la structure des ARN c’est chouette !


Merci encore Louis pour cet entretien ! J’espère qu’il vous aura également convaincu de l’intérêt des biologics et de l’importance de la recherche sur la structure des ARNs. 🙂

Je sais que ce qui lui tient à coeur dans sa thèse, c’est le côté appliqué que peut avoir sa recherche (lui qui adore me rappeler que ça n’a rien d’excitant de faire de la recherche fondamentale :P). Dans une optique à long terme, on pourrait notamment parier que son travail pourra contribuer à la création d’ARNs sur mesure pour la médecine personnalisée. Ces aptamères pourront être capables par exemple de cibler des molécules spécifiques, comme des marqueurs de cellules cancéreuses et ainsi contribuer à l’éradication de certains cancers sans passer par les traitements lourds de chimiothérapie.

Kit de démarrage en bio-informatique

Passer du monde de la biologie à la bio-informatique n’est pas quelque chose de spontanée. Se familiariser avec l’environnement Linux et commencer à utiliser exclusivement son terminal pour naviguer dans ses dossiers n’est pas une tâche aisée. Mais n’ayez crainte, après quelques semaines de pratique, vous serez plus à l’aise pour découvrir les joies de la programmation et l’affichage du Hello World n’aura plus de secret pour vous ! Pour ceux qui commencent leurs cursus en bio-informatique, ici, voici quelques outils qui vous permettront de bien débuter votre nouveau parcours.


I. Travailler sous GNU / Linux

Les systèmes d’exploitation Windows et Apple sont assez communs sur le marché. Il est plus rare de commencer à utiliser un système d’exploitation Unix sans y avoir été initié par un connaisseur. Pourtant, l’un de ses principaux avantages et que contrairement aux deux autres, c’est qu’il est gratuit et accessible à tous. Il existe plusieurs familles de système Unix mais nous allons plus spécifiquement vous parler de la famille GNU/Linux, couramment utilisée dans le domaine de la bio-informatique. Linux est le noyau d’un système d’exploitation, qui a pour particularité de fonctionner sur les ordinateurs personnels. Ce noyau est associé à un interpréteur de commandes et une série de différents outils, souvent des logiciels libres fournis par GNU, afin de former le système d’exploitation au complet.

A. Installation

Si vous souhaitez installer Linux sur votre ordinateur, trois options s’offrent à vous :

  • L’installation en machine virtuelle : une machine virtuelle est un logiciel qui permet de recréer dans une nouvelle fenêtre un système d’exploitation de manière indépendante. Le majeur inconvénient c’est qu’elle consomme pas mal de ressources.

Il existe plusieurs logiciels permettant de créer des machines virtuelles sur votre ordinateur tels que : VMWare Workstation, ou encore Oracle VM Virtual Box.

Tutoriel : Installation d’une machine virtuelle à l’aide de VM Virtual Box
  • L’installation en dual boot : cela permet de faire cohabiter deux systèmes d’exploitation sur votre ordinateur en partitionnant votre disque dur en deux parties.

Au démarrage, il vous sera alors proposé de choisir le système d’exploitation sur lequel vous devez travailler.

Tutoriel : Installation du dual boot
  • Le remplacement total de votre système d’exploitation par Linux : il vaut mieux connaître quelqu’un de suffisamment habitué à faire ce genre d’opérations pour ne pas endommager votre ordinateur. La communauté utilisant GNU/Linux est très solidaire, n’hésitez pas à faire un tour sur les forums de discussion pour demander un coup de main.

Par exemple, sur Bordeaux en France, le collectif Giroll est une association qui aide à l’installation de la distribution de GNU/Linux sur votre ordinateur personnel.

B. Choisir sa distribution

Sous GNU/ Linux, il existe un grand nombre de distributions différentes. Une distribution est un ensemble de logiciels associés au noyau Linux. Le choix d’une distribution aura donc un impact sur :

  • l’installation de Linux
  • les logiciels pré-installés
  • le suivi de sécurité (manager d’installation et de mise à jour)

GNU/Linux, comme les autres systèmes d’exploitation Unix, vous laisse choisir votre environnement de bureau. Ce dernier est un programme ou un ensemble de programmes dédiés qui permet notamment de manipuler votre ordinateur via une interface utilisateur en mode graphique.

En savoir plus : Les environnements de bureau sous Linux 

Il existe une multitude de distribution GNU/Linux toutes accessibles sur internet, et elles suivent une philosophie commune : elles prônent le logiciel libre et l’interopérabilité.

Définition de logiciel libre par GNU : Le terme « Logiciel libre » désigne des logiciels qui respectent la liberté des utilisateurs. Cela veut dire que les utilisateurs ont la liberté d’exécuter, copier, distribuer, étudier, modifier et améliorer ces logiciels.
Définition de l’interopérabilité par AFUL : L’interopérabilité est la capacité que possède un produit ou un système, dont les interfaces sont intégralement connues, à fonctionner avec d’autres produits ou systèmes existants ou futurs, et ce, sans restrictions d’accès ou de mise en œuvre.

Pour un bio-informaticien débutant, afin de se familiariser plus facilement avec un environnement Linux, voici une présentation des avantages de deux distributions populaires dérivées de Debian* :

Petit rappel sur Debian :
Distribution publiée par une organisation communautaire et démocratique, dont le but est le développement de systèmes d'exploitation basés exclusivement sur des logiciels libres

Pour les plus curieux qui souhaitent découvrir d’autres distributions, je vous incite à consulter la liste proposée par Wikipedia qui regorge de nombreux exemples et donnent plus d’informations sur d’autres distributions parentales tels que Slackware, RedHat Linux et Arch Linux et leurs descendants respectifs.

II. Bien choisir son environnement de développement

Le meilleur ami de l’informaticien est l’éditeur de code. C’est dans cette interface que vous allez travailler donc, il est très important d’être complètement à l’aise avec celui-ci. Ne pensez pas qu’il s’agit d’un simple bloc-note coloré. Les éditeurs de code vous aident réellement à repérer les erreurs, à indenter ou même à exécuter vos programmes. Ils offrent de nombreuses fonctionnalités.

On vous propose ici quelques exemples d’éditeurs de texte mais il en existe une multitude. Le plus important c’est de prendre celui qui vous convient le mieux et avec lequel vous vous sentez le plus à l’aise pour coder. Certains utilisateurs privilégieront un éditeur très léger et rapide aux fonctions accessibles par de nombreux raccourcis clavier, d’autres préféreront l’ergonomie et l’extensibilité d’un éditeur plus consommateur en mémoire vive. L’important c’est que cet éditeur soit présent sur toutes les plateformes. Trois différents exemple ci-dessous :

A. GNU Emacs

Emacs est un éditeur libre et gratuit, extensible, paramétrable et historique. C’est un éditeur très complet et puissant. Attention cependant, il faut du temps pour se familiariser avec ses nombreux raccourcis et son interface qui peut paraître très austère au premier lancement. Les plus courageux (ou les plus fous ?) pourront même découvrir au sein de cet éditeur, un navigateur internet ou bien même une messagerie mail.

B. Visual Studio Code

VSCode est un éditeur relativement récent si on le compare à son aîné Emacs. Édité par Microsoft, il est open-source et propose une interface plus sophistiquée. Sa grande force repose sur son extensibilité via un magasin de “plugin” gratuits. Nativement, il propose différents thèmes et colorations syntaxiques. Ses raccourcis claviers sont moins nombreux que ceux d’Emacs mais plus conventionnels. Il est également plus simple d’utilisation.

C. Atom

Atom est le cousin de Visual Studio Code. Atom appartient à Github et est lui aussi open-source. La plupart des fonctionnalités de VSCode sont présentes sous Atom, mais il faut pour cela télécharger des modules annexes (Packages). Ces derniers sont d’ailleurs la particularité de ce logiciel. Tout le monde peut publier gratuitement un plugin sur le magasin. C’est à la fois un avantage et un inconvénient. Parfois ces plugins ne sont pas optimisés ou non compatibles entre-eux. Ainsi, de manière générale, Atom est plus lent et plus gourmand en mémoire que VScode.

III. Sites de support

A. Openclassroom

C’est LA référence française pour trouver des cours  en informatique qui s’adressent aussi bien aux débutants qu’aux initiés. Vous y trouverez des cours et des travaux pratiques sur à peu près tous les langages et outils informatiques.

B. Stackoverflow

C’est le forum d’informatique le plus fréquenté, si vous avez une question ou si vous bloquez sur quelque chose, dites-vous que quelqu’un a certainement déjà rencontré ce problème et que la réponse se trouve sur le forum. Si jamais la question n’a pas été posée, la communauté est très réactive et toujours prête à aider.

C. bioinfo-fr.net

Ce site créé depuis 2012 a pour vocation de réunir une équipe de bio-informaticiens francophones qui partagent leurs savoirs et expériences à travers la rédaction d’articles sur le domaine de la bio-informatique. Ils relaient également les différents événements liés à la bio-informatique en France.

IV. Quelques outils gratuits pour les étudiants

Github Student Pack

Github est un service en ligne d’hébergement et de gestion de projet , il est basé sur le logiciel de gestion de version Git. C’est l’outil indispensable du développeur et du jeune bio-informaticien pour gérer les versions des projets de développement et travailler en collaboration.

Il est possible de s’y inscrire gratuitement mais il existe également une version premium qui permet notamment de créer des projets privés. Si vous êtes étudiant, vous pourrez avoir accès au plan premium et d’autres outils intéressants en souscrivant au Github Student Pack disponible sur ce lien.

Remarques :

  • Le Github student pack est également gratuit pour toutes les personnes faisant partie du monde académique. 
  • Pour en savoir plus sur Git, rendez vous sur les excellents articles de bioinfo-fr.

Vous voilà prêts à rentrer dans le monde de la bio-informatique ! Nous remercions chaudement l’AMBB pour nous avoir permis de reprendre leur travail pour la rédaction de cet article. Avez-vous d’autres propositions pour compléter ce kit de démarrage ? N’hésitez pas nous proposer vos idées par commentaire.

Ndlr : L’article à été mis à jour suite à des remarques faites par nos lecteurs, merci à eux pour leur vigilance et leurs encouragements.

FAQ #1 – Recherche de stage

Afin de répondre précisément aux interrogations de personnes actuellement à la recherche de stage en bio-informatique, nous avons collaboré avec l’AMBB (Association du Master Bio-informatique de Bordeaux) qui a proposé à ses étudiants de 2ème année de nous poser leurs premières questions en relation avec cette thématique.

A l’aide de nos propres expériences de recherche de stage, nous espérons pouvoir leur apporter des réponses pertinentes :


I. Est-il  vraiment valorisé de faire un stage à l’étranger ?

Amélie : Je ne sais pas si c’est VRAIMENT valorisé mais c’est toujours un plus autant en tant qu’expérience personnelle que professionnelle. Ça montre que tu es mobile et que tu peux t’adapter facilement dans un nouvel endroit, ce sont des qualités personnelles qui sont toujours valorisantes pour un professionnel.

Savvy : Pour ma part j’ai fait mon stage de 6 mois aux Etats-Unis. Je pense qu’en général avoir un CV qui montre qu’on peut faire preuve de mobilité est un bon point (surtout si on a fait ses études au même endroit). Faire un stage à l’étranger permet de montrer qu’on est capable de sortir de sa zone de confort. Au delà de cet aspect, cela permet de travailler dans un environnement différent de la France et de voir ce qui se fait en bio-informatique dans d’autres pays.

Après je pense qu’il ne faut pas s’enfermer dans l’idée que faire un stage exclusivement à l’étranger est valorisant pour son CV. On peut aussi faire des stages valorisants en France (si des résultats pertinents aboutissent lors du projet par exemple). Le plus important à retenir de son stage, selon moi, c’est les compétences et l’autonomie qu’on va y acquérir.


II. Les maîtres de stages sont-ils indulgents au début du stage (si ce dernier est effectué à l’étranger), concernant l’expression oral en anglais par exemple ? Etant donné que chaque étudiant n’est pas bilingue.

Amélie : Au début de stage, les maîtres de stages sont toujours indulgents car il faut forcément un temps d’adaptation quand tu commences quelque chose de nouveau. Personne n’attend que l’on finisse le stage en 2 jours. Je pense que si on tient compte de la barrière de la langue, ça peut en effet être un handicap au début mais on finit toujours par se comprendre. Lors de l’entretien d’embauche le maître de stage va bien voir ton niveau d’anglais et c’est lui qui va choisir si c’est dérangeant ou non. S’il t’a accepté alors c’était en toute connaissance de cause. Tu devrais t’améliorer assez rapidement de toute façon 😉.

Savvy : Tout dépend de la situation. Si le maître de stage est francophone, vous n’aurez pas de problème à priori. Mais s’il est anglophone, il faudra donc communiquer avec lui en anglais. Bien entendu, il sera indulgent car s’il a accepté de vous prendre c’est qu’il est conscient de votre niveau d’anglais et que ça ne lui pose de problème.

Après, je pense qu’il est important de rappeler que l’anglais est la langue de communication principale en recherche donc c’est important de savoir s’exprimer (après personne ne vous en voudra de ne pas être bilingue, sauf si on vous a demandé de passer un test). Vos collègues seront peut être également anglophones, vous allez devoir vous jeter à l’eau (ne soyez pas timides, l’accent français est adorable pour les anglophones). Et ne vous en faites pas, votre niveau va très vite augmenter, une fois immergé !


III. Les stages à l’étranger peuvent ils être rémunérés ?

Amélie : La rémunération n’est pas obligatoire à l’étranger il faut donc bien faire attention avant d’accepter un stage. Fais aussi des recherches sur le niveau de vie de l’endroit où tu comptes partir pour éviter les mauvaises surprises. Vérifies le réseau de transport en commun afin de pouvoir aller au travail ou visiter les alentours. Il faut savoir qu’à l’étranger, tu peux être éligible à une bourse de mobilité mais fais très attention à ne pas te baser uniquement sur cette possibilité car elle n’est pas allouée obligatoirement.

Savvy : Contrairement à la France, la rémunération des stages dans tous les pays n’est pas obligatoire. Souvent il faut poser la question (et il faut avouer que c’est une question épineuse à poser, mais il faut la poser !). A titre d’exemple, aux Etats-Unis, cela n’est pas du tout obligatoire, au Canada, en général les stages sont rémunérés.

En Europe, je ne connais que la France qui a obligation de rémunérer ses stagiaires (s’ils font plus de 3 mois de stage), je me rappelle avoir postulé à une offre en Allemagne où le stage n’était pas rémunéré. Pour autant, sans rémunération, le laboratoire peut parfois proposer un autre type de compensation, comme par exemple l’accès à un logement de fonction – je n’ai pas d’exemples concrets mais je sais que c’est possible – .


IV. Est-ce que c’est la galère d’un point de vue administratif de partir faire un stage à l’étranger ? Si oui, quelques conseils ?

Amélie : Evidemment les conditions administratives varient d’un pays à l’autre, le meilleur conseil serait de faire des recherches en amont sur les pays qui t’intéressent et de trouver un stage assez rapidement histoire de ne pas se faire avoir par les délais administratifs.

Savvy : Pour un stage dans l’Union Européenne, il ne me semble pas que ce soit compliqué. Je crois qu’on peut aller faire son stage dans n’importe quel pays de l’espace Schengen (je ne suis pas sûre pour le Royaume-Uni avec le Brexit), sans faire aucune demande spécifique. En revanche pour un stage aux Etats-Unis et au Canada, il y a des demandes du visa J1 (USA) et d’un permis de travail (Canada) à faire en plus de l’ESTA (USA) et l’AVE (Canada) qui sont les autorisations électroniques de voyage (mais ceux-là se font en ligne).

Ces demandes sont assez longues à faire (surtout à cause de la réception du document en France), donc pour faire un stage dans ces pays, il faut idéalement trouver son stage 3 mois à l’avance pour être sûr de réceptionner ses papiers en temps voulu et pour espérer réserver des billets d’avions pas trop chers. A savoir également qu’ils sont quelques peu coûteux, donc il est important de se renseigner sur les bourses que proposent Aquimob.

Dans le master de Bordeaux, d’anciens étudiants sont également allés au Vietnam, en Nouvelle-Zélande et en Australie. Je ne connais pas personnellement les démarches, mais je crois qu’il faut de manière similaire trouver son stage suffisamment à l’avance pour faire ses papiers administratifs.


V. Quelles sont les bons réflexes à avoir tout au long du stage ?

Amélie :

  • Toujours garder un esprit ouvert et curieux.
  • Ne pas hésiter à demander de l’aide, c’est d’ailleurs considéré comme une qualité parce que tu apprendras plus vite et donc tu avanceras plus vite dans ton projet plutôt que de chercher pendant plusieurs jours une réponse que tu aurais de ton maître de stage.
  • Faire des propositions, parfois tu peux apporter une idée à laquelle personne n’avait pensé et qui donnera une nouvelle dimension à ton projet.

Savvy :

  • S’habituer à lire des papiers scientifiques un peu tous les jours  -même si c’est pas drôle-
  • Tenir un “notebook” pour garder une trace de sa progression
  • Documenter son code au jour le jour  – pour éviter de le faire en panique à la fin –
  • Ne pas avoir peur de poser des questions à son maître de stage – parce que vous avez droit de ne pas tout savoir, vous êtes aussi là pour apprendre – et faire des meetings réguliers avec lui – suivant son emploi du temps évidemment –

Si vous avez d’autres questions qui vous viennent, postez-les en commentaire ! Nous serons ravies de vous répondre !

Bien commencer sa recherche de stage

La recherche de stage est une étape obligatoire au cours de n’importe quel cursus universitaire. Elle suscite de nombreux doutes et questionnements.  Ayant passée cette étape de notre cursus, il nous a semblé intéressant de partager notre expérience sur ce sujet. Cela permettra ainsi de répondre aux questions que tout étudiant, bio-informaticien ou non, se pose quand il doit chercher son stage de fin d’études.


I. Mettre en valeur son CV

Première étape indispensable : peaufiner son CV. Je sais, je ne vous apprends rien. Mais c’est un point quand même assez important à rappeler. Je n’ai pas la formule magique pour rendre votre CV impressionnant, c’est vos expériences et vos compétences qui le feront pour vous  ! Néanmoins, cela ne fera pas de mal de rappeler les points clefs à mettre en valeur sur son CV :

  • Vos formations : décrivez les matières que vous avez étudiées afin de donner un aperçu de votre formation.
  • Vos expériences professionnelles / compétences : n’hésitez pas à parler de vos projets réalisés dans le cadre de votre formation pour mettre en avant les concepts bio-informatiques que vous avez assimilés, si vous n’avez pas de nombreux stages volontaires à votre actif.
  • Vos acquis en programmation : bien qu’il soit possible d’avoir vu différents langages de programmation, mettez en avant ceux où vous vous sentez le plus à l’aise.
  • Vos intérêts : vos projets personnels vous rendent unique, ne les négligez pas, cela peut parfois pousser le recruteur à s’intéresser à votre profil.
  • Des liens pertinents : votre page Github ou LinkedIn – pensez à la mettre à jour – , et éventuellement des liens vers les organismes que vous aurez cités. Si votre CV est dans un format PDF, votre lecteur pourra directement se rendre sur les sites en question.

Autres conseils :

  • Essayez d’être concis et précis pour tenir idéalement sur une page, soyez original tout en restant sobre.
  • Vérifiez que votre CV s’imprime aussi bien en couleur qu’en noir et blanc.
  • Ayez une version en français et en anglais de votre CV, surtout si vous souhaitez postuler hors du territoire français.
  • Renseignez-vous sur l’obligation d’ajouter des informations personnelles (âge, sexe, photo) sur votre CV. Dans certains pays, cela reste obligatoire, tandis que dans d’autres pays, il est préférable que ces informations n’y figurent pas pour éviter les cas de discriminations.
  • Discutez avec vos collègues qui cherchent aussi un stage et comparez vos CV, cela vous permettra de trouver de nouvelles idées pour nourrir le vôtre.
  • Demandez à plusieurs personnes de vous relire, nous ne sommes jamais à l’abri d’une faute de frappe ou d’orthographe. La moindre erreur sur un CV peut faire tâche.

II. Trouver son stage idéal

A présent, il est temps de s’attaquer à l’étape la plus fastidieuse : trouver des offres de stage. L’essentiel est de trouver le stage qui vous plaît. De manière générale, il est important d’identifier vos centres d’intérêt en bio-informatique pour vous aider à peaufiner votre recherche. Autre tactique, vous pouvez aussi commencer par exclure toutes les thématiques qui ne vous intéressent pas.

NB : Si vous souhaitez poursuivre par un doctorat de bio-informatique en France, il est souvent recommandé de chercher un laboratoire qui voudra potentiellement poursuivre avec vous après. Cela vous mettra dans les meilleurs conditions pour passer le concours de l’école doctorale.

Pour votre recherche de stage, deux options s’offrent à vous :

Répondre à des offres de stage publiées

SFBI_logo
SFBI : La base données pour les recherches de stage et d’emploi en France

Consultez régulièrement le site de la SFBI qui offre une banque d’offres de stage très régulièrement mise à jour. Ce site propose majoritairement des offres en France, mais également à l’étranger, le plus souvent en Europe (à quelques exceptions près). Les offres de stages sur le site SFBI apportent de précieuses informations comme :

  • la localisation du stage, sa date de commencement et sa durée
  • la thématique de stage
  • les compétences requises
  • le profil attendu du candidat
  • d’autres informations :
    • environnement de travail
    • langue de communication,
    • salaire etc.

Cela vous permettra ainsi de cerner si vos intérêts et votre profil peuvent s’accorder à l’offre. Ci dessous, un exemple d’offre :

sfbi_offre_exemple
Exemple d’offre sur la SFBI (Source : SFBI)

En ce qui concerne les offres de stage disponibles à l’étranger, votre ami Google sera votre plus grand allié en tapant les mots clefs “Bioinformatics internship in X (Pays ou Ville de votre choix)”.

Faire une candidature spontanée

Que ce soit en France ou à l’étranger, la candidature spontanée peut sembler effrayante. En effet, il semble beaucoup plus simple de répondre à une offre déjà définie. Mais cela n’est pas impossible ! Par exemple, certains laboratoires invitent fortement les étudiants à candidater librement sans publier d’offre de stage spécifique. Dans certains cas, il sera éventuellement demandé d’obtenir préalablement un soutien financier. Si aucune indication ne vous informe que le laboratoire ne peut se permettre d’accueillir un stagiaire, il ne vous coûte rien d’écrire un email au directeur du laboratoire si les thématiques de sa recherche vous plaisent vraiment. Cependant, n’oubliez pas de vérifier que vous aurez un soutien en bio-informatique dans la laboratoire. Ce n’est pas évident de réaliser son stage de 6 mois sans une personne pour vous guider sur la mise en place de la méthodologie computationnelle.

Bien évidemment, l’ensemble de ces conseils s’appliquent également à la recherche de stage en entreprise. Autre suggestion, n’oubliez pas de chercher des questions pour votre recruteur, que ce soit sur les conditions du stage, des précisions sur le sujet ou sur les méthodologies employées, la possibilité de poursuivre un emploi / thèse dans l’établissement, le salaire, et autres. Cela montrera explicitement votre intérêt pour l’offre !

III. Rédiger sa lettre de motivation

Que ce soit pour répondre à une offre déjà publiée ou postuler de manière spontanée dans un laboratoire ou une entreprise, votre lettre de motivation a le même objectif : mettre en avant vos compétences et qualités et démontrer votre intérêt pour l’offre ou les thématiques de recherche. Entre autre, cela permet aussi de prouver que vous savez vous exprimer et que vous êtes donc capable de mettre en valeur vos propos. Il s’agit d’un atout très pertinent notamment pour la rédaction d’articles scientifiques, si vous décidez de poursuivre en recherche !

Il est important de savoir écrire sa lettre de motivation de manière :

  • personnelle et ciblée, en montrant par exemple que vous avez lu les publications en lien avec le sujet proposé
  • modulable, avec une structure initiale qui peut être facilement changée en faisant un peu de reformulation

A titre d’exemple, voici mon template standard de lettre de motivation. Je ne garantis pas qu’il fonctionne, mais cela peut éventuellement inspirer des personnes en panne d’idées :


Ce que doit contenir une lettre de motivation

Bonjour Professeur X,

  • Introduction : Décrire brièvement son parcours universitaire et introduire l’idée qu’on doit réaliser un stage de 6 mois.
  • Comment avez-vous trouvé cette offre
    • Candidature spontanée : Expliquer comment vous avez trouvé le laboratoire / l’entreprise et quelles sont vos thématiques d’intérêts et pourquoi
    • Réponse à une offre : Mettre en avant ce qui vous plaît dans l’offre au niveau de sa thématique de recherche ou de ses objectifs.
  •  Mettez-vous en valeur : Mettre en avant les compétences qui vous semblent pertinentes pour le stage, illustrer avec vos expériences professionnelles ou projets universitairesMettre en avant vos qualités d’autonomie (si, si, vous êtes autonomes) et de travail en équipe.
  • Demande pour un potentiel et apports d’autres informations :
    • Formuler une demande d’entretien et préciser que vous êtes disponible pour le moindre complément d’informations. Parfois on peut vous demander de fournir des lettres de recommandation pour vos applications (le plus souvent, pour les stages à l’étranger). Avant de donner les coordonnées d’un référent, assurez-vous qu’il soit d’accord pour soutenir votre candidature.

Formule de politesse

Votre prénom et nom


Ici,  un exemple pour une lettre de motivation en anglais.

En bref

J’espère que l’ensemble de ces conseils permettra de dédramatiser votre démarche de recherche de stage, si vous êtes dans ce cas. N’oubliez pas de commencer votre recherche suffisamment tôt, car vous ne savez pas si vous aurez une réponse positive dès la première candidature, cela permettra d’élargir vos opportunités. En bio-informatique, les annonces de stage commencent à sortir dès mi-septembre sur la SFBI.

Ne soyez pas déçu si vos premières candidatures aboutissent à des réponses négatives ou sont sans réponse. Ces “échecs” vous permettront de voir vos points faibles afin de les améliorer. De plus, les offres de stage vont sortir de manière continue et peut-être que parmi ces dernières,  une meilleure proposition se profilera devant vous !

La recherche de stage est une période quelque peu stressante car vous devez en trouver une avant une certaine date limite, mais ne vous hâtez pas pour avoir à tout prix un stage. Choisissez un stage qui vous plaît et dont vous estimez qu’il saura mettre en valeur et développer davantage vos compétences en bio-informatique.


Si vous avez des questions à la lecture de ce post, n’hésitez pas à laisser un commentaire. Si notre contenu vous a plu, n’hésitez pas à vous abonner ! 🙂