omicX

Afin de découvrir la variété de métiers que regorgent la bio-informatique, je vous propose de suivre mon aventure dans la recherche d’entreprises liées à notre domaine ! Cette semaine, l’entreprise française omicX a répondu à mes questions. Pour la petite anecdote, j’ai découvert l’existence de cette entreprise en cherchant par harsard le nom d’un outil dont j’avais besoin sur l’ami Google.

J’ai trouvé sa fiche descriptive sur le site d’Omic Tools créé par omicX et je me suis rendue compte que c’était un site bien pratique pour établir une liste des logiciels présentement existants, pour une thématique donnée. Il est aussi très pertinent pour savoir si un logiciel est toujours maintenu par son équipe de création ou bien s’il n’est plus fonctionnel. Ça évite de passer des heures à essayer de l’installer sans succès et se rendre compte à la fin que personne ne pourra vous expliquer ce que vous n’avez pas fait correctement !


Quelques mots d’introduction

omicX a été fondée en 2013 par Arnaud Desfeux, docteur en Neurosciences. L’entreprise compte aujourd’hui une quarantaine de salariés experts en data science, en bio-informatique, en biologie et en développement web. Les bureaux de l’entreprise sont situés à Rouen au cœur de la pépinière Seine Innopolis, acteur majeur de l’innovation en Normandie.

L’entreprise a suscité l’intérêt des investisseurs grâce au positionnement innovant de son moteur de recherche, lequel permet de trouver en quelques clics et pour toute question biologique posée, une réponse logicielle adaptée. “Dans un contexte de production croissante de logiciels, réunir, classer et documenter l’ensemble des outils utiles à l’analyse de données biologiques me semblait être la meilleure stratégie à adopter” affirme le fondateur de l’entreprise.

Cinq ans après son lancement, le succès de la plateforme se confirme et pour cause, omicX dépasse les 3 millions de pages vues et les 1 millions de visiteurs par an. Avec plus de 25 000 utilisateurs inscrits à ce jour, elle est parvenue à engager les scientifiques issus des plus grandes universités et institutions (NIH, Oxford, Cambridge, Yale, Chinese Academy of Sciences, etc).  

L’ambition de départ de l’entreprise

omicX : Notre objectif premier est de guider la communauté scientifique dans l’exploitation des données biologiques. Le volume de données actuel est tel qu’il dépasse de loin les capacités d’analyse des chercheurs. C’est pourquoi nous avons développé un écosystème qui capitalise sur l’intelligence collective pour générer des protocoles directement exploitables par l’humain. Initialement positionnée sur la classification et la suggestion d’applications, l’entreprise s’oriente progressivement vers l’aide à la décision. Notre slogan ‘Unleashing the value of big biodata’ va d’ailleurs dans ce sens : exploiter les Big BioData pour réaliser de nouvelles percées scientifiques.

Les services proposés

omicX : Outre notre moteur de recherche sémantique, nous proposons un outil d’analyse en capacité de déchiffrer la littérature scientifique pour générer des protocoles et des méta-analyses* (i.e. des suites logicielles logiques construites à partir de l’ensemble des outils que nous référençons). Les protocoles peuvent être modifiés par l’intermédiaire d’un éditeur conçu spécifiquement pour personnaliser les analyses que nous générons de manière à ne laisser aucune question sans réponses.

Nous proposons également plusieurs modules statistiques. Notre plateforme compile des données sur les spécifications des outils, le contexte biologique dans lequel ils sont utilisés, les pathologies auxquelles ils répondent, leurs citations, et fournit des aperçus détaillés sur les tendances en développement logiciel, les collaborations scientifiques et les institutions contributrices.

Quelques exemples de profils actuels en bioinformatique dans l’entreprise

omicX :  Nous employons essentiellement des bioinformaticiens, des biologistes et des ingénieurs en développement web et génie logiciel, possédant pour la plupart un Master et/ou un Doctorat.

Une des principales missions des bioinformaticiens concerne la classification des applications et l’écriture de scripts pour l’extraction des spécifications. Ils interviennent également au niveau de la validation et de la vérification des protocoles issus de la littérature scientifique. Ils participent également à l’extraction des modules/outils, à la « dockerisation » des logiciels et au développement des futures fonctionnalités du site.

Les futurs projets ?

omicX : Nous prévoyons prochainement de déployer une solution de cloud computing pour permettre aux chercheurs d’exécuter leurs analyses directement en ligne. Nos utilisateurs pourront ainsi lancer des analyses en utilisant des ensembles de données stockées dans des bibliothèques dédiées. L’intégration de cette dernière brique fonctionnelle permettra à omicX de devenir un environnement de travail complet, couvrant l’ensemble des étapes d’analyse.



Merci chaleureusement à Emeline Duquenne de m’avoir permis de rentrer en contact avec l’entreprise omicX. Pour notre prochain article, vous pourrez découvrir son portrait en tant que bio-curatrice dans l’entreprise !