Emeline Duquenne

Si vous vous demandez où se trouve Emeline sur la photo de groupe de l’équipe omicX, je peux vous dire qu’elle s’est bien cachée ! – je connais son aversion pour les photos donc j’ai dû tricher pour illustrer l’article -.


Emeline Duquenne est une ancienne étudiantes de mon master et a été diplomée une année avant moi. C’est en garndant le contact avec elle que j’ai appris qu’elle avait été rapidement embauchée pour un contrat à durée indéterminée dans l’entreprise omicX fin septembre 2016. Si vous avez raté mon portrait de l’entreprise, je vous invite à le lire ici.

Il faut avouer qu’avoir un emploi stable dès l’obtention de son diplôme niveau BAC +5 est un cas plutôt rare en bio-info, enfin, d’après les expériences professionnelles de de mes camarades de promotion et des promotions précédentes. C’est pourquoi je trouvais intéressant de vous présenter son parcours, ainsi que les tâches qui lui sont confiées pour son poste actuel au sein d’omicX !


Tout d’abord, sa définition de la bio-informatique

Emeline : La définition que je donne s’applique particulièrement à la vision de la bio-informatique que je perçois en tant que professionnelle en France. Pour moi, elle se décline en deux parties. La première définition, qui est la plus commune, est cellà où les bio-informaticiens sont un soutien pour les biologistes afin de traiter leurs données. La deuxième définition que je trouve plus rare en France, c’est l’utilisation des outils informatiques pour répondre à des questionnements en biologie, avec des bio-informaticiens au cœur d’un projet construit autour d’eux, en rassemblant des données existantes afin de traiter une problématique précise.

Quelques mots sur son parcours et son intérêt pour la bio-informatique

Emeline : J’ai commencé avec une licence de biologie à Marseille, et je l’ai terminée à Bordeaux en me spécialisant en biologie moléculaire, cellulaire et physiologie. Mon intérêt pour la bio-informatique m’est venue au cours de ma formation; grâce à un cours d’initiation aux outils utilisés en bio-informatique. J’avais également eu des cours de programmation qui avaient suscité mon intérêt pour l’informatique en général. J’avais donc envie d’intégrer un domaine pluridisciplinaire qui pouvait allier mes intérêts pour la biologie, plus particulièrement les neurosciences, et l’informatique. C’est pourquoi au moment de mon choix de master, j’hésitais entre deux possibilités.

J’ai été prise dans le master de Neurosciences à Bordeaux, ce qui a renforcé à la fois mes compétences générales en recherche comme la lecture d’articles scientifiques et la maîtrise de protocoles scientifiques, et des compétences plus spécifiques comme le fonctionnement du cerveau. A la fin de ma formation, je voulais poursuivre par une thèse, mais je ne me sentais pas tout à fait prête. C’est pourquoi j’ai décidé d’entamer un second master, cette fois en Bio-informatique, afin d’acquérir de nouvelles compétences, notamment en programmation et gestion de projet.

A la fin de cette seconde formation, je cherchais une thèse qui allie bio-informatique et neurosciences, mais je n’ai pas trouvé de sujet qui correspondaient à mes attentes à ce moment. En parallèle, j’ai cherché des emplois en SS2I (ndlr : Entreprise de services en informatique) ou des postes de CDD/CDI en bio-informatique. C’est en consultant les offres d’emploi sur la SFBI que j’ai trouvé un poste de Data Scientist dans l’entreprise émergente omicX.

Les raisons qui l’ont poussées à rester en bio-informatique

Emeline : Je voulais trouver un emploi en adéquation avec ma formation qui allie à la fois informatique et biologie. Après deux ans en dehors du laboratoire, je n’avais pas envie de retourner faire des expériences « à la paillasse », mais plutôt de me concentrer sur le côté informatique appliqué à la biologie. Mon métier me permet d’avoir une vue plus globale des différents domaines de la bio-informatique (ou « omics »), comme par exemple la transcriptomique, c’est-à-dire l’étude des transcripts d’ARN partant de l’échelle cellulaire à l’organisme entier, ou la phénomique, qui est l’étude des caractéristiques à l’échelle d’un individu ou d’une population entière.

Si ce dernier domaine est le plus proche de ma formation initiale, les passerelles entre ces différents « omics » sont de plus en plus fréquentes et demandées pour analyser les données (par exemple utiliser en même temps les données transcriptomiques et phénomiques pour comprendre le fonctionnement d’une maladie).

Ses responsabilités au sein d’omicX et ses aspirations professionnelles

Emeline : J’effectue de la veille technologique afin de catégoriser les différents logiciels existants dans le domaine bio-informatique pour le site omicX. Mes connaissances sur les différents domaines “omics” me permettent d’identifier dans quel but un outil est utilisé afin de lui attribuer une catégorie. (ie. génomique, transcriptomique, protéomique etc.)

Ma principale mission consiste à compléter une base de données où on peut répertorier les logiciels disponibles pour la communauté scientifique pour que nos utilisateurs peuvent se consacrer à leurs projets de recherche et utiliser nos ressources pour faire de la veille technologique. Par exemple se demander si investir du temps pour créer un nouvel outil est nécessaire en se basant sur l’existant.


Ce sera tout pour ce portrait ! Pour la prochaine fois, j’irai sûrement toquer à la porte d’un de mes professeurs d’université afin de vous familiariser au métier d’enseignant chercheur. 🙂

omicX

Afin de découvrir la variété de métiers que regorgent la bio-informatique, je vous propose de suivre mon aventure dans la recherche d’entreprises liées à notre domaine ! Cette semaine, l’entreprise française omicX a répondu à mes questions. Pour la petite anecdote, j’ai découvert l’existence de cette entreprise en cherchant par harsard le nom d’un outil dont j’avais besoin sur l’ami Google.

J’ai trouvé sa fiche descriptive sur le site d’Omic Tools créé par omicX et je me suis rendue compte que c’était un site bien pratique pour établir une liste des logiciels présentement existants, pour une thématique donnée. Il est aussi très pertinent pour savoir si un logiciel est toujours maintenu par son équipe de création ou bien s’il n’est plus fonctionnel. Ça évite de passer des heures à essayer de l’installer sans succès et se rendre compte à la fin que personne ne pourra vous expliquer ce que vous n’avez pas fait correctement !


Quelques mots d’introduction

omicX a été fondée en 2013 par Arnaud Desfeux, docteur en Neurosciences. L’entreprise compte aujourd’hui une quarantaine de salariés experts en data science, en bio-informatique, en biologie et en développement web. Les bureaux de l’entreprise sont situés à Rouen au cœur de la pépinière Seine Innopolis, acteur majeur de l’innovation en Normandie.

L’entreprise a suscité l’intérêt des investisseurs grâce au positionnement innovant de son moteur de recherche, lequel permet de trouver en quelques clics et pour toute question biologique posée, une réponse logicielle adaptée. “Dans un contexte de production croissante de logiciels, réunir, classer et documenter l’ensemble des outils utiles à l’analyse de données biologiques me semblait être la meilleure stratégie à adopter” affirme le fondateur de l’entreprise.

Cinq ans après son lancement, le succès de la plateforme se confirme et pour cause, omicX dépasse les 3 millions de pages vues et les 1 millions de visiteurs par an. Avec plus de 25 000 utilisateurs inscrits à ce jour, elle est parvenue à engager les scientifiques issus des plus grandes universités et institutions (NIH, Oxford, Cambridge, Yale, Chinese Academy of Sciences, etc).  

L’ambition de départ de l’entreprise

omicX : Notre objectif premier est de guider la communauté scientifique dans l’exploitation des données biologiques. Le volume de données actuel est tel qu’il dépasse de loin les capacités d’analyse des chercheurs. C’est pourquoi nous avons développé un écosystème qui capitalise sur l’intelligence collective pour générer des protocoles directement exploitables par l’humain. Initialement positionnée sur la classification et la suggestion d’applications, l’entreprise s’oriente progressivement vers l’aide à la décision. Notre slogan ‘Unleashing the value of big biodata’ va d’ailleurs dans ce sens : exploiter les Big BioData pour réaliser de nouvelles percées scientifiques.

Les services proposés

omicX : Outre notre moteur de recherche sémantique, nous proposons un outil d’analyse en capacité de déchiffrer la littérature scientifique pour générer des protocoles et des méta-analyses* (i.e. des suites logicielles logiques construites à partir de l’ensemble des outils que nous référençons). Les protocoles peuvent être modifiés par l’intermédiaire d’un éditeur conçu spécifiquement pour personnaliser les analyses que nous générons de manière à ne laisser aucune question sans réponses.

Nous proposons également plusieurs modules statistiques. Notre plateforme compile des données sur les spécifications des outils, le contexte biologique dans lequel ils sont utilisés, les pathologies auxquelles ils répondent, leurs citations, et fournit des aperçus détaillés sur les tendances en développement logiciel, les collaborations scientifiques et les institutions contributrices.

Quelques exemples de profils actuels en bioinformatique dans l’entreprise

omicX :  Nous employons essentiellement des bioinformaticiens, des biologistes et des ingénieurs en développement web et génie logiciel, possédant pour la plupart un Master et/ou un Doctorat.

Une des principales missions des bioinformaticiens concerne la classification des applications et l’écriture de scripts pour l’extraction des spécifications. Ils interviennent également au niveau de la validation et de la vérification des protocoles issus de la littérature scientifique. Ils participent également à l’extraction des modules/outils, à la « dockerisation » des logiciels et au développement des futures fonctionnalités du site.

Les futurs projets ?

omicX : Nous prévoyons prochainement de déployer une solution de cloud computing pour permettre aux chercheurs d’exécuter leurs analyses directement en ligne. Nos utilisateurs pourront ainsi lancer des analyses en utilisant des ensembles de données stockées dans des bibliothèques dédiées. L’intégration de cette dernière brique fonctionnelle permettra à omicX de devenir un environnement de travail complet, couvrant l’ensemble des étapes d’analyse.



Merci chaleureusement à Emeline Duquenne de m’avoir permis de rentrer en contact avec l’entreprise omicX. Pour notre prochain article, vous pourrez découvrir son portrait en tant que bio-curatrice dans l’entreprise !

 

Louis Becquey

C’est dans mon master que j’ai réalisé pour la première fois qu’il n’existait pas de chemin standard pour atterrir en bio-informatique. Ce qui est encore plus formidable, c’est que le domaine est tellement vaste, qu’il est difficile de se rendre compte de toutes les thématiques possibles dans lesquelles on peut travailler.

Afin de contribuer à une meilleure connaissance du domaine et de ses défis actuels,  je vous propose une série d’interviews de différents professionnels. En présentant leurs parcours, l’origine de leur intérêt pour la bio-informatique et leurs projets actuels, j’espère vous faire découvrir des applications en bio-informatique que vous n’aurez jamais soupçonné.


Pour ma première interview, je remercie chaleureusement Louis Becquey qui a bien voulu se prêter à l’exercice. Pour la partie anecdote qui ne va intéresser personne, Louis et moi, on s’est rencontré par le biais du concours international de biologie de synthèse iGEM en 2016. Ce qui est plutôt drôle c’est qu’on avait assez peu échangé pendant notre collaboration pour le concours, mais on a fini par garder contact après la compétition (parce que les iGEMers deviennent tous copains à la fin).

Louis a commencé son doctorat en septembre 2018. Je vous laisse découvrir à travers son interview, comment il a fini par atterrir en thèse, où il travaille sur l’élaboration d’algorithmes multi-critères permettant la prédiction de structures ARNs à l’université Paris Saclay en France.


Quelle est la définition de la bio-informatique, selon Louis

Louis : Il existe de nombreuses définitions de la bio-informatique. Personnellement, je préfère en donner une définition large. Pour moi, il s’agit de l’ensemble des techniques du numérique et de l’informatique que l’on utilise pour répondre à des questions en biologie. Un autre aspect important que j’aimerai souligner, c’est qu’il s’agit également de l’interprétation de données massives issues de la biologie (la bio-informatique “intellectuelle” et moins “numérique”).

Quelques mots sur son parcours et sa première expérience en bio-informatique

Louis : Dès la fin du lycée, j’avais une idée assez précise des domaines d’études qui m’intéressaient. J’ai toujours été intéressé par la pharmaceutique et la chimie fine, c’est ce qui m’a décidé à faire une première année commune aux études de santé à Grenoble. Deux ans après, faute d’avoir pu décrocher une place en pharmacie, j’ai finalement décidé de commencer une prépa Agro-Véto (ndlr : Agronomie et Science vétérinaire) qui m’a donné mes connaissances théoriques en biologie.

Au cours de ma 2ème année, lors d’un projet de recherche, j’ai pu utiliser mes compétences en informatique pour répondre à des questions biologiques. Il s’agissait d’un projet d’étude sur les miels dits “monofloraux” (de sapin, de châtaignier etc.). Nous avons étudié le lien entre le nom et la présence réelle de caractères spécifiques à la plante (pollens, osides, miellats). Pour cela, nous avons dû utiliser des outils de traitement d’images pour analyser les cartes des zones autour des ruches, sur lesquelles nous avions reporté la localisation de différentes espèces de plantes. Puis nous avons pu réaliser une analyse statistique de nos données.

C’est par ce projet que j’ai appris ce qu’était la bio-informatique et qu’il s’agissait d’un pan de métier à part entière. C’est ainsi que j’ai décidé de continuer une école d’ingénieur en bio-informatique. En France, seulement deux instituts proposent ce type de formation : Polytech Nice à Sophia Antipolis et l’Institut National des Sciences Appliquées à Lyon. J’ai décidé de poursuivre mes 3 ans d’étude à Lyon où j’ai reçu une formation en bio-informatique et modélisation mathématique.

Quels sont ses motivations pour poursuivre une carrière en bio-informatique

Louis :  J’ai toujours eu une grande curiosité à comprendre comment fonctionne le vivant, c’est ce qui m’a donné l’envie de travailler dans le domaine de la biologie. Côté informatique, j’ai un petit côté geek qui m’a toujours donné une envie d’apprendre quelques notions de programmation. Mais c’est lors de ma 2ème année en prépa où j’ai acquis de nombreuses connaissances en biologie moléculaire, que j’ai fait un parallèle entre les processus de transmission des informations qui se passent dans les cellules et le fonctionnement des ordinateurs.

L’aspect “traitement de l’information” est celui dans lequel la biologie se développera au 21ème siècle.

Sa thématique favorite en bio-informatique ?

Louis : J’ai toujours été intéressé par la compréhension des fondements moléculaires du vivant, c’est pourquoi la bio-informatique structurale m’intéresse particulièrement. Elle fait le lien entre le support matériel et l’information. Et spécifiquement dans ce pan de la bio-informatique, je peux aussi m’intéresser à des concepts de biophysique (sûrement un petit côté masochiste, l’amour pour les maths “hardcore” et les grosses équations !).

La question curieuse : Dans quelles circonstances a-il obtenu son premier emploi ?

Louis : Lors de mon stage de fin de formation pour l’école d’ingénieur, j’ai voulu travailler sur un sujet de bio-informatique structurale. L’idée était de réaliser la simulation de molécules en 3D afin de prédire leurs capacités d’interaction in vivo. Plus spécifiquement pour mon stage, j’ai utilisé des méthodes de machine-learning pour étudier l’interaction entre les protéines kinases et les petites molécules chimiques.

A la fin de celui-ci, j’avais espéré poursuivre dans mon laboratoire de recherche, mais malheureusement, il ne proposait pas de poste au niveau BAC+5. En consultant les différentes offres sur la SFBI, la plupart des postes qui m’intéressaient, demandaient au minimum un doctorat, je me suis donc résolu à faire une thèse afin de pouvoir travailler dans mes domaines d’intérêt par la suite. Je suis donc actuellement à l’Université Paris Saclay pour réaliser un doctorat sur la prédiction de structures ARNs.

Quelle est, selon lui, la potentielle contribution de sa thèse dans son domaine d’expertise ?

Louis : L’étude des structures de protéines est un thème de recherche déjà très bien étudié et sur lequel le domaine pharmaceutique actuel repose. Je ne me voyais pas faire une thèse dans ce domaine car je trouve qu’il y a suffisamment de connaissances établis et peu de nouveaux progrès possibles. Dans le domaine de la pharmaceutique industrielle, une nouvelle classe de médicaments fait surface depuis moins d’une dizaine d’années qu’on appelle les biologics. Ce sont les molécules extraites d’animaux ou de plantes qu’on utilise comme principes actifs, par opposition aux petites molécules chimiques qui coûtent de plus en plus cher à développer, qui ont souvent des effets secondaires et finissent dans un scandale médiatique.

Un aptamère (en jaune), une molécule d’ARN créé de manière synthétique qui peut ici se lier spécifiquement à une molécule de biotine. (Source : Wikipedia)

La recherche sur ces molécules est beaucoup moins coûteuse, grâce notamment à leur faible coût de fabrication en comparaison à la synthèse chimique de composés organiques. Parmi les différents biologics, on retrouve l’ARN qu’on peut notamment utiliser pour faire du ciblage spécifique de molécules. Ils sont probablement plus faciles à concevoir par ordinateur en comparaison des protéines, et les recherches sur le sujet sont actuellement maigres, il y a donc de la place pour de grandes découvertes. En bref, étudier la structure des ARN c’est chouette !


Merci encore Louis pour cet entretien ! J’espère qu’il vous aura également convaincu de l’intérêt des biologics et de l’importance de la recherche sur la structure des ARNs. 🙂

Je sais que ce qui lui tient à coeur dans sa thèse, c’est le côté appliqué que peut avoir sa recherche (lui qui adore me rappeler que ça n’a rien d’excitant de faire de la recherche fondamentale :P). Dans une optique à long terme, on pourrait notamment parier que son travail pourra contribuer à la création d’ARNs sur mesure pour la médecine personnalisée. Ces aptamères pourront être capables par exemple de cibler des molécules spécifiques, comme des marqueurs de cellules cancéreuses et ainsi contribuer à l’éradication de certains cancers sans passer par les traitements lourds de chimiothérapie.