Louis Becquey

C’est dans mon master que j’ai réalisé pour la première fois qu’il n’existait pas de chemin standard pour atterrir en bio-informatique. Ce qui est encore plus formidable, c’est que le domaine est tellement vaste, qu’il est difficile de se rendre compte de toutes les thématiques possibles dans lesquelles on peut travailler.

Afin de contribuer à une meilleure connaissance du domaine et de ses défis actuels,  je vous propose une série d’interviews de différents professionnels. En présentant leurs parcours, l’origine de leur intérêt pour la bio-informatique et leurs projets actuels, j’espère vous faire découvrir des applications en bio-informatique que vous n’aurez jamais soupçonné.


Pour ma première interview, je remercie chaleureusement Louis Becquey qui a bien voulu se prêter à l’exercice. Pour la partie anecdote qui ne va intéresser personne, Louis et moi, on s’est rencontré par le biais du concours international de biologie de synthèse iGEM en 2016. Ce qui est plutôt drôle c’est qu’on avait assez peu échangé pendant notre collaboration pour le concours, mais on a fini par garder contact après la compétition (parce que les iGEMers deviennent tous copains à la fin).

Louis a commencé son doctorat en septembre 2018. Je vous laisse découvrir à travers son interview, comment il a fini par atterrir en thèse, où il travaille sur l’élaboration d’algorithmes multi-critères permettant la prédiction de structures ARNs à l’université Paris Saclay en France.


Quelle est la définition de la bio-informatique, selon Louis

Louis : Il existe de nombreuses définitions de la bio-informatique. Personnellement, je préfère en donner une définition large. Pour moi, il s’agit de l’ensemble des techniques du numérique et de l’informatique que l’on utilise pour répondre à des questions en biologie. Un autre aspect important que j’aimerai souligner, c’est qu’il s’agit également de l’interprétation de données massives issues de la biologie (la bio-informatique “intellectuelle” et moins “numérique”).

Quelques mots sur son parcours et sa première expérience en bio-informatique

Louis : Dès la fin du lycée, j’avais une idée assez précise des domaines d’études qui m’intéressaient. J’ai toujours été intéressé par la pharmaceutique et la chimie fine, c’est ce qui m’a décidé à faire une première année commune aux études de santé à Grenoble. Deux ans après, faute d’avoir pu décrocher une place en pharmacie, j’ai finalement décidé de commencer une prépa Agro-Véto (ndlr : Agronomie et Science vétérinaire) qui m’a donné mes connaissances théoriques en biologie.

Au cours de ma 2ème année, lors d’un projet de recherche, j’ai pu utiliser mes compétences en informatique pour répondre à des questions biologiques. Il s’agissait d’un projet d’étude sur les miels dits “monofloraux” (de sapin, de châtaignier etc.). Nous avons étudié le lien entre le nom et la présence réelle de caractères spécifiques à la plante (pollens, osides, miellats). Pour cela, nous avons dû utiliser des outils de traitement d’images pour analyser les cartes des zones autour des ruches, sur lesquelles nous avions reporté la localisation de différentes espèces de plantes. Puis nous avons pu réaliser une analyse statistique de nos données.

C’est par ce projet que j’ai appris ce qu’était la bio-informatique et qu’il s’agissait d’un pan de métier à part entière. C’est ainsi que j’ai décidé de continuer une école d’ingénieur en bio-informatique. En France, seulement deux instituts proposent ce type de formation : Polytech Nice à Sophia Antipolis et l’Institut National des Sciences Appliquées à Lyon. J’ai décidé de poursuivre mes 3 ans d’étude à Lyon où j’ai reçu une formation en bio-informatique et modélisation mathématique.

Quels sont ses motivations pour poursuivre une carrière en bio-informatique

Louis :  J’ai toujours eu une grande curiosité à comprendre comment fonctionne le vivant, c’est ce qui m’a donné l’envie de travailler dans le domaine de la biologie. Côté informatique, j’ai un petit côté geek qui m’a toujours donné une envie d’apprendre quelques notions de programmation. Mais c’est lors de ma 2ème année en prépa où j’ai acquis de nombreuses connaissances en biologie moléculaire, que j’ai fait un parallèle entre les processus de transmission des informations qui se passent dans les cellules et le fonctionnement des ordinateurs.

L’aspect “traitement de l’information” est celui dans lequel la biologie se développera au 21ème siècle.

Sa thématique favorite en bio-informatique ?

Louis : J’ai toujours été intéressé par la compréhension des fondements moléculaires du vivant, c’est pourquoi la bio-informatique structurale m’intéresse particulièrement. Elle fait le lien entre le support matériel et l’information. Et spécifiquement dans ce pan de la bio-informatique, je peux aussi m’intéresser à des concepts de biophysique (sûrement un petit côté masochiste, l’amour pour les maths “hardcore” et les grosses équations !).

La question curieuse : Dans quelles circonstances a-il obtenu son premier emploi ?

Louis : Lors de mon stage de fin de formation pour l’école d’ingénieur, j’ai voulu travailler sur un sujet de bio-informatique structurale. L’idée était de réaliser la simulation de molécules en 3D afin de prédire leurs capacités d’interaction in vivo. Plus spécifiquement pour mon stage, j’ai utilisé des méthodes de machine-learning pour étudier l’interaction entre les protéines kinases et les petites molécules chimiques.

A la fin de celui-ci, j’avais espéré poursuivre dans mon laboratoire de recherche, mais malheureusement, il ne proposait pas de poste au niveau BAC+5. En consultant les différentes offres sur la SFBI, la plupart des postes qui m’intéressaient, demandaient au minimum un doctorat, je me suis donc résolu à faire une thèse afin de pouvoir travailler dans mes domaines d’intérêt par la suite. Je suis donc actuellement à l’Université Paris Saclay pour réaliser un doctorat sur la prédiction de structures ARNs.

Quelle est, selon lui, la potentielle contribution de sa thèse dans son domaine d’expertise ?

Louis : L’étude des structures de protéines est un thème de recherche déjà très bien étudié et sur lequel le domaine pharmaceutique actuel repose. Je ne me voyais pas faire une thèse dans ce domaine car je trouve qu’il y a suffisamment de connaissances établis et peu de nouveaux progrès possibles. Dans le domaine de la pharmaceutique industrielle, une nouvelle classe de médicaments fait surface depuis moins d’une dizaine d’années qu’on appelle les biologics. Ce sont les molécules extraites d’animaux ou de plantes qu’on utilise comme principes actifs, par opposition aux petites molécules chimiques qui coûtent de plus en plus cher à développer, qui ont souvent des effets secondaires et finissent dans un scandale médiatique.

Un aptamère (en jaune), une molécule d’ARN créé de manière synthétique qui peut ici se lier spécifiquement à une molécule de biotine. (Source : Wikipedia)

La recherche sur ces molécules est beaucoup moins coûteuse, grâce notamment à leur faible coût de fabrication en comparaison à la synthèse chimique de composés organiques. Parmi les différents biologics, on retrouve l’ARN qu’on peut notamment utiliser pour faire du ciblage spécifique de molécules. Ils sont probablement plus faciles à concevoir par ordinateur en comparaison des protéines, et les recherches sur le sujet sont actuellement maigres, il y a donc de la place pour de grandes découvertes. En bref, étudier la structure des ARN c’est chouette !


Merci encore Louis pour cet entretien ! J’espère qu’il vous aura également convaincu de l’intérêt des biologics et de l’importance de la recherche sur la structure des ARNs. 🙂

Je sais que ce qui lui tient à coeur dans sa thèse, c’est le côté appliqué que peut avoir sa recherche (lui qui adore me rappeler que ça n’a rien d’excitant de faire de la recherche fondamentale :P). Dans une optique à long terme, on pourrait notamment parier que son travail pourra contribuer à la création d’ARNs sur mesure pour la médecine personnalisée. Ces aptamères pourront être capables par exemple de cibler des molécules spécifiques, comme des marqueurs de cellules cancéreuses et ainsi contribuer à l’éradication de certains cancers sans passer par les traitements lourds de chimiothérapie.